Его отец, Степан Иванович, попечительно готовил сына к государственному служению. Великий князь Московский Василий III Иоаннович, отец Иоанна Грозного, приблизил ко двору молодого Феодора, которого, однако, не манила придворная жизнь. Сознавая ее суетность и греховность, Феодор всё глубже погружался в чтение книг и посещение храмов Божиих. Жизнь в Москве угнетала молодого подвижника, душа его жаждала иноческих подвигов и молитвенного уединения Усердно помолившись Московским чудотворцам, он тайно, в одежде простолюдина, покинул Москву. Жажда подвигов привела его в знаменитый Соловецкий монастырь на Белом море. Там он исполнял самые трудные послушания: рубил дрова, копал землю, работал на мельнице.

После полутора лет искуса игумен Алексий постриг его, дав в иночестве имя Филипп и вручив в послушание старцу Ионе Шамину. К началу службы в храме он всегда являлся первым и последним выходил из него. По благословению игумена, святой Филипп некоторое время проводит в пустынном уединении, внимая себе и Богу.

В 1546 году в Новгороде Великом архиепископ Феодосии посвятил Филиппа во игумена Соловецкой обители. Новопоставленный игумен старался всеми силами поднять духовное значение обители и ее основателей -преподобных Савватия и Зосимы Соловецких. Для упорядочения жизни в монастыре был принят новый устав. Святой Филипп построил на Соловках два величественных храма - трапезный храм Успения Божией Матери, освященный в 1557 году, и Преображения Господня. Игумен сам работал как простой строитель, помогая класть стены Преображенского собора.

Но Господь готовил святого угодника для иного служения и иного подвига. В Москве о соловецком отшельнике вспомнил любивший его когда-то в отроческие годы Иоанн Грозный. Царь надеялся, что найдет в святителе Филиппе верного сподвижника, духовника и советника, который по высоте монашеской жизни ничего общего не будет иметь с мятежным боярством.

Святитель долго отказывался возложить на себя великое бремя предстоятеля Русской Церкви. Духовной близости с Иоанном он не чувствовал. Он пытался убедить царя уничтожить опричнину, Грозный же старался доказать ему ее государственную необходимость. Наконец, Грозный царь и святой митрополит пришли к уговору, чтобы святому Филиппу не вмешиваться в дела опричнины и государственного управления, не уходить с митрополии в случаях, если царь не сможет исполнить его пожеланий, быть опорой и советником царя, как были опорой московских государей прежние митрополиты. 25 июля 1566 года свершилось посвящение святого Филиппа на кафедру Московских Святителей.

Иоанн Грозный, один из величайших и самых противоречивых исторических деятелей России, жил напряженной деятельной жизнью, был талантливым писателем и библиофилом, сам вмешивался в составление летописей (и сам внезапно оборвал нить московского летописания), вникал в тонкости монастырского устава", не раз думал об отречении от престола и монашестве. Чем сильнее сгущалась тьма вокруг Грозного, тем решительнее требовала его душа духовного очищения и искупления.

Сама опричнина была задумана Грозным по образу иноческого братства: послужив Богу оружием и ратными подвигами, опричники должны были облачаться в иноческие одежды и идти к церковной службе, долгой и уставной, длившейся от 4 до 10 часов утра. Из церкви шли в трапезную, и пока опричники ели, царь стоял возле них. Оставшиеся яства опричники собирали со стола и раздавали нищим при выходе из трапезной.

Самозванное иночество Грозного, мрачным игом тяготевшее над Россией, возмущало святителя Филиппа, считавшего, что нельзя смешивать земного и небесного, служения креста и служения меча. Тем более, что святой Филипп видел, как много нераскаянной злобы и ненависти скрывается под черными шлыками опричников.

Святитель Филипп решился противостать Грозному. Окончательный разрыв наступил весной 1568 года. В Неделю Крестопоклонную, 2 марта 1568 года, когда царь с опричниками пришел в Успенский собор, как обычно, в монашеских облачениях, святитель Филипп отказался благословить его, но стал открыто порицать беззакония, творимые опричниками.

Царь стал проявлять еще большую жестокость в преследовании всех противившихся ему. Участь святителя-исповедника была решена. Боярская дума послушно вынесла решение о суде над Главой Русской Церкви. Нашлись и лжесвидетели. Святого Филиппа обвиняли во множестве мнимых преступлений, до колдовства включительно. Отвергнув все обвинения, святой страдалец пытался прекратить суд, объявив о добровольном сложении митрополичьего сана. Но отречение его не было принято.

Уже по вынесении приговора о пожизненном заточении в темнице, святого Филиппа заставили служить Литургию в Успенском соборе. Это было 8 ноября 1568 года. В середине службы в храм ворвались опричники, всенародно зачитали соборное осуждение, порочившее святителя, сорвали с него архиерейское облачение, одели в рубище, вытолкали из храма и на простых дровнях отвезли в Богоявленский монастырь. Мученика долго томили в подвалах московских монастырей, ноги старца забивали в колодки, держали его в оковах, накидывали на шею тяжелую цепь. Наконец, отвезли в заточение в Тверской Отрочь монастырь. Там год спустя, 23 декабря 1569 года, святитель принял мученическую кончину от руки Малюты Скуратова. Мощи его были преданы земле первоначально там же, в монастыре, за алтарем храма. Позже совершилось перенесение их в Соловецкую обитель и оттуда - в Москву.